各府省が財務省に提出した２０２１年度予算の概算要求のうち、東日本大震災復興特別会計の総額は８１２２億円となった。前年度比６０・８％減と大幅に減少した。復興庁予算案に一括計上してから所管省庁が執行する事業総額は５４・９％減の６３３１億円。福島第１原発事故の影響で遅れている福島の復興・再生支援には３７・６％減の４６６５億円を計上し、帰還環境の整備などを推進する。

原子力災害からの復興・再生の内訳は、除染土などを最終処分まで一時保管する中間貯蔵施設（福島県双葉、大熊両町）の整備で５３・４％減の１８７７億円を計上。最終処分を視野に除染土の減容・再生利用に向けた技術開発も併せて推進する。

放射性物質汚染廃棄物処理事業には３０・９％減の７３２億円、除染土などの適正管理・搬出に５３・４％減の２６４億円、帰還困難区域の入域管理・被ばく防止対策などに７・８％増の５５億円をそれぞれ計上。改正福島復興再生特別措置法に基づき、国の直轄事業で除染や家屋解体工事を進める「特定復興再生拠点」の整備には５・２％減の６３８億円を充てる。

福島県東部の浜通り地域で計画する「国際教育研究拠点」の構築に向けた関連事業には２億円を新規計上。基本構想を策定するほか、シンポジウムを実施し産学官連携の強化を図る。

住宅再建・復興まちづくりの項目には９０・０％減の５４６億円を充てる。住まいと街の復興に向け、災害公営住宅に関する支援などを継続する。