１月２８日に成立した政府の２０２０年度第３次補正予算のうち、国土交通省分の歳出総額は国費ベースで３兆２９１２億円となった。国交省分の公共事業関係費は１兆９３４２億円。地方整備局や地方自治体などに配分する事業費は総額２兆４２９７億円となる。大部分の１兆９９９０億円を昨年末に閣議決定した「防災・減災、国土強靱化のための５か年加速化対策」（２１～２５年度）に充てる。＝各地方面に関連記事

全体配分額の内訳は直轄事業８７９３億円、補助事業１兆５５０４億円。本省が具体的な事業を対象に配分する「本省配分」（直轄７１２７億円、補助１兆５４３５億円）と地方整備局などにまとめて配分する「一括配分」（同１６６２億円、同６９億円）で構成する。

主な事業別の内訳は、治水４７７０億円、道路整備５２３０億円、道路環境整備４２８億円、市街地整備１１４３億円、港湾１２２２億円、空港６５億円、都市・幹線鉄道３３２億円、社会資本整備総合交付金２１９１億円、防災・安全交付金８３８２億円。

国庫債務負担行為（ゼロ国債）として、１７４４億円（直轄１６２７億円、補助１１７億円）を各事業に配分した。ゼロ国債を活用すれば２０年度中の支出がゼロでも年度内に発注契約できる。発注・施工時期の平準化を図り、公共事業予算の効率的な執行につなげる。